故事紧接上一季结尾：夏威夷州长遭谋杀后，Steve McGarrett成了头号嫌疑人，被临时羁押在监狱里等候出庭受审。Danny突然带着能够洗清他罪名的证据前来探监。与此同时，Kono遭到停职检查的处

上午8点，美国情报部门收到消息，今天会有一颗核弹在美国境内爆炸。为了阻止这场恐怖袭击，CTU再次召回了因失去妻子已离开CTU一年之久的杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）

恶战结束，两名铁血战士带着死去同伴的尸体向家乡返航。令他们想不到的是，死去同伴的身体竟成为异形幼卵的栖息地，成熟的异形破胸而出，并且兼具异形和铁血战士的强大威力，成为了连铁血战士也难以撼动的终极异形。

New York, same mission.