20世纪末，15岁的少年榊原恒一（阿部敦 配音）由于父亲前往海外公干的原因，于是来到亡母的家乡夜见山市，暂住阿姨三神怜子（宮牧美沙代 配音）家中等待转入新的学校。在此期间，他的旧病复发，入院治疗，

16岁的少女松前绪花（伊藤かな恵 配音）是一个自由生活在东京的普通女高中生。一如这座虽则繁华却死板枯燥的大都市，她的生活平淡无味。正处在幻想的年纪，绪花时刻期盼着“突然的夜奔、突然的爱恋、突然的离

因为所在的波路中学倒闭，新学期一开始，先岛光（花江夏树 配音）和青梅竹马向井户爱花（花泽香菜 配音）以及好友比良平千咲（茅野爱衣 配音）、伊佐木要（逢坂良太 配音）转校至位于陆地的美滨中学继续学业。先

某一日，人类平静的生活因为一种名叫“兽”的生物的侵袭而彻底画上了句号。当最后的人类威廉（新井良平 配音）从沉睡之中醒来时，他发现，已经500年过去了，而威廉的身上，承载了人类延续的最后的希望。